Mencionamos la erección de la Diócesis de León de Nicaragua el 3 de noviembre de 1534, retroactiva al 26 de febrero de 1531.

Durante este mismo período se crean las otras Diócesis del área centroamericana. Se erigen la Diócesis de Trujillo en Honduras el 6 de setiembre de 1531 -que posteriormente en 1561 se traslada a Comayagua-, la de Santiago de Guatemala el 18 de diciembre de 1534 y la de San Cristóbal de Chiapas el 19 de marzo de 1539.

Ya en su momento -Artículos 1 y 2- explicamos lo que significa Diócesis y Arquidiócesis Metropolitanas. Las cuatro diócesis centroamericanas mencionadas se crean en su momento como sufragáneas de la Metropolitana de Sevilla, hasta la creación de los primeros tres Arzobispados americanos de Santo Domingo, México y Perú el 12 de febrero de 1546, quedando distribuidas así: Guatemala y Chiapas sufragáneas de México, Honduras sufragánea de Santo Domingo, y, León de Nicaragua de la de Perú, al igual que la Diócesis de Panamá erigida desde el 9 de setiembre de 1513.

Así, desde los años treinta del siglo XVI queda definido el marco de las estructuras diocesanas que regirá en Centroamérica durante toda la Colonia y aún después de la Independencia -con la única excepción de la efímera existencia de la Diócesis de la Vera Paz en Guatemala, entre 1561 y 1605-. Únicamente El Salvador y Costa Rica serán las dos Provincias del área que no tienen una estructura diocesana propia durante todo este período. El Salvador será parte de la Diócesis de Guatemala y Costa Rica lo será de la de León desde 1565, según veremos.

Hubo intentos tempranos por parte de las autoridades civiles y eclesiásticas de Guatemala para que se elevara a Metropolitana la Diócesis de esa Provincia, incluyendo como sufragáneas Chiapas, Yucatán, Honduras y Nicaragua. Así se solicita en cartas al Rey del 25 de mayo de 1555 de la Audiencia de Guatemala, del 30 de setiembre de 1560 del Obispo electo de Nicaragua don Lázaro Carrasco (1556-1562), del 10 de octubre de 1573 del Presidente de la Audiencia de Guatemala y del 2 de mayo de 1604 del Cabildo de Guatemala. Dichos intentos no fueron atendidos en su momento.

La Diócesis de León, entonces, al momento de su creación en 1531 y 1534 fue sufragánea de la Arquidiócesis de Sevilla, luego pasa a serlo de la Metropolitana de Lima desde 1546 hasta “poco antes de 1647” en que pasó a depender de la Metropolitana de México -como lo informa el Obispo de Nicaragua Fray Alonso Briceño O.F.M. (1644-1653) en carta al Rey del 14 de julio de 1647-, incluyendo ya para ese entonces al territorio de Costa Rica y, pasando luego a la jurisdicción de la Metropolitana de Guatemala, desde el momento de su creación el 16 de diciembre de 1743.

Sin embargo, durante toda la Colonia la mayoría de los asuntos eclesiásticos de León y de Costa Rica, según la normativa canónica del momento y las concesiones del Patronato, se resolvían aquí mismo por la respectiva autoridad; los pocos casos que no podían tratarse en la Provincia o en la sede diocesana, se resolvían casi todos en Guatemala, como sede de la Audiencia, por lo que la dependencia de la Metropolitana de Lima y posteriormente de la de México casi no se hizo sentir.

Un ejemplo que vendría a confirmar lo anterior lo encontramos en el caso de las dificultades tenidas con el mencionado Obispo electo don Lázaro Carrasco, por parte del Arcediano de León el P. Juan Álvarez, quien acude al IV Virrey del Perú Diego López de Zúñiga y Velasco (1561-1564), a quien encuentra en Nombre de Dios en Panamá, y éste lo remite a la Audiencia de Guatemala para que presente la causa. Era la práctica del momento.

Manifestaciones de la dependencia de la Diócesis de León de las respectivas Metropolitanas son muy pocas, mencionamos dos. La primera es la participación de delegados de la Diócesis de Nicaragua en al menos dos de los cinco Concilios de Lima de los siglos XVI y XVII. Consta que en el III Concilio Provincial de Lima entre 1582 y 1583, convocado y realizado por el Arzobispo Santo Toribio de Mogrovejo (1579-1606), participó en representación del Cabildo sede vacante de la Diócesis de León -por la muerte de Fray Antonio de Zayas O.F.M. (1575-1582)-, Fray Pedro de Ortiz, quien en 1575 fue el primer Provincial de la Provincia franciscana de San Jorge de Nicaragua y Costa Rica; por lo que las resoluciones del Concilio tuvieron eco en la Diócesis de León de Nicaragua y de Costa Rica. También consta la participación del P. Bartolomé Menacho, en representación del Obispo de Nicaragua Fray Domingo de Ulloa O.P. (1585-1591), en el IV Concilio de Lima de 1591.

Y la segunda, es la que se presenta en 1614, cuando el Obispo de Nicaragua don Pedro de Villareal (1603-1619) solicita aprobación al Arzobispo de Lima, Bartolomé Lobo Guerrero (1607-1622), para viajar a España, y el Metropolitano no lo autoriza, según lo establecía la legislación española entonces vigente.