El Papa reconoce expresamente en la citada bula el Patronato y el derecho de presentación perpetuos; por lo que Julio II nombra a los candidatos presentados por la corona, que son los tres primeros obispos para América. A saber: Fray García de Padilla O.F.M. para Santo Domingo, el P. don Pedro Suárez de Deza para La Concepción y el P. don Alonso Manso para San Juan.
El primer obispo que se traslada a América es don Alonso Manso, que llega a San Juan el 25 de diciembre de 1512 y permaneció allí hasta su muerte en 1539. Mientras que Fray García de Padilla O.F.M. murió en 1515, sin haber tomado posesión de su sede; por lo que es nombrado el italiano P. Alejandro Geraldini, que sí llegó a Santo Domingo en 1516 y murió en 1524. Mientras que el P. Pedro Suárez de Deza tomó posesión en 1514, pero regresó muy pronto a España donde murió; ya para 1528 La Concepción se unió a la Diócesis de Santo Domingo. Así, es claro que el Patronato permite ir organizando la naciente estructura eclesiástica en el “nuevo mundo”.
Tenemos entonces los tres puntos claves de los que se compone el Patronato hasta esta fase: 1) La misión evangelizadora concedida a la Corona, con la obligación en consciencia de responder a ella -que en la época es un serio compromiso y una responsabilidad de enorme peso que efectivamente debe ser asumido-. 2) La exclusividad en la fundación de nuevas estructuras eclesiásticas: diócesis, parroquias, monasterios, conventos, misiones, etc., como consecuencia y reconocimiento por esa misión y de las cargas adjuntas; y 3) La cesión de los diezmos y de los derechos de presentación universal perpetua, como consecuencia de esas fundaciones.
El Patronato no es una institución estática, sino que conforme pasan los años y se van presentando situaciones y necesidades nuevas, va tomando matices nuevos -los cuales no nos es posible analizar por completo en este espacio-. En cada bula de fundación de un nuevo obispado o estructura eclesiástica se hace alusión al Patronato y es allí donde se van concretizando muchos de sus aspectos novedosos, que irán desarrollando y concretando el amplísimo Patronato concedido por el Papa Julio II en las bulas de 1508, 1510 y 1511.
La aplicación de los acuerdos del Tratado de Tordesillas de 1494 -que estableció la línea de demarcación o partición de norte a sur entre Portugal y España, 370 leguas al oeste de las Islas Azores y de Cabo Verde-, aún sin saberlo en ese momento, significó la consecuencia posterior que la corona portuguesa obtuvo el derecho de posesión de parte de la zona de lo que hoy corresponde a Brasil -que paulatinamente se fue ampliando hasta alcanzar el amplio territorio actual-.
Según el acuerdo de ambas coronas, el Papa Julio II aprobó el tratado en 1506, y luego, la Santa Sede concedió también el Patronato a Portugal, en los mismos términos que a la corona española -lo que demuestra que era la práctica jurídica normal y habitual del momento-.
Efectivamente, en el caso de Portugal, fue el Papa León X (1513-1521) quien, en 1514, con la bula “Dum fidei constantram” y, en 1518, con la “Dudum pro parte”, le concede el Patronato, siguiendo el modelo del otorgado a España, entregando en esta última el derecho universal del Patronato en todas las iglesias de ultramar sometidas a la Corona portuguesa. Derechos expresamente reconocidos en las bulas de erección de la Diócesis de Funchal en la Isla de Madeira -bula “Pro excellenti preeminentia” de 1514- y en la de la Diócesis de Goa en la India -bula “Aequum reputandum” de 1534-, por parte del Papa Clemente VII (1523-1534).
Los Romanos Pontífices no dejaron de emitir bulas con referencia “a las Indias”, en las cuales van añadiendo elementos nuevos a las facultades concedidas.
Es el caso, por ejemplo, de Adriano VI (1522-1523) que en la bula “Exponi nobis fecisti”, del 9 de mayo de 1522, conocida como “Omnímoda”, facilita el envío de misioneros y dota de grandes facultades a los superiores de las Órdenes religiosas; pero le concede también al Rey derechos sobre la selección, examen y posible veto a los elegidos para la misión.
Concesiones que serán objeto de discusión luego del Concilio de Trento (1545-1553), que restablece con claridad las obligaciones pastorales de los obispos, como la visita episcopal periódica a sus diócesis. Pero las amplias concesiones dadas a los religiosos de frente a la jurisdicción episcopal se mantendrán vigentes, dejando a las órdenes religiosas fuera de la potestad de los obispos durante toda la colonia; lo cual también marca sustantivamente la realidad eclesial de latinoamericana.