Una vez erigida la diócesis por la Santa Sede y según su mandato, el 5 de setiembre de 1850 el Arzobispo de Guatemala, Francisco de Paula García Peláez (1846-1867), firmó el decreto de ejecución de la bula, nombrando Vicario Capitular al P. José Gabriel del Campo. El 2 de febrero de 1851, se publicó en San José la bula pontificia y el decreto arzobispal y tomó posesión el Vicario Capitular, cesando en sus funciones el último Vicario General, el P. José Rafael del Carmen Calvo Rosales (+1863).

El Obispo de Nicaragua, Jorge Viteri y Ungo (1849-1853), protestó por lo decidido, fundado en que el Gobierno de Nicaragua había rehusado dar el “exequatur” a la bula, por haber establecido límites perjudiciales para su sede. En el fondo está la disputa por el límite entre Nicaragua y Costa Rica, que los nicaragüenses querían colocar en el río Salto y los costarricenses en el río La Flor, estando en medio parte del territorio de Guanacaste.

El 12 de febrero de 1851, el Obispo nicaragüense, con respaldo de su Gobierno, pretende negarse a aceptar el decreto de ejecución de la bula y la toma de posesión del Vicario Capitular, considerándose aún Obispo de Costa Rica. El 3 de junio de 1851, el Cardenal Secretario de Estado, Giacomo Antonelli (1806-1876), rechaza formalmente sus pretensiones, concluyéndose así la disputa.

Estaba pendiente aún el nombramiento del primer Obispo. Luego de varias propuestas del Gobierno del Presidente Juan Rafael Mora Porras (1849-1853; 1853-1859) -siempre por concesión del “derecho de presentación”-, tuvo más eco la recomendación del Arzobispo de Guatemala, del sacerdote costarricense P. Anselmo Llorente y Lafuente (1800-1871), Rector del Seminario de Guatemala desde 1846.

El Pbro. Dr. Anselmo Llorente y Lafuente aceptó su elección el 5 de setiembre de 1850, fue confirmado por la Santa Sede como primer Obispo de Costa Rica en el Consistorio del 10 de abril de 1851 y el 7 de setiembre siguiente fue ordenado Obispo por el Arzobispo de Guatemala –primer costarricense en ser Obispo–. Llegó a Costa Rica el 18 de diciembre de 1851, concretamente a Puntarenas, el 28 del mismo mes llegó a San José, y tomó posesión del obispado el 2 de enero de 1852, prestando juramento al Gobierno civil al día siguiente. Con ello se consumaba ahora el anhelo costarricense por contar con un pastor propio.

Mons. Sanabria (1899-1952) comenta que, para 1851, la Provincia de San José, con 31.000 habitantes, contaba con 19 presbíteros, 11 iglesias, 1 ermita y 2 oratorios; la Provincia de Cartago, con 22.000 habitantes, tenía 17 presbíteros, 16 iglesias, 1 ermita y 1 oratorio; la Provincia de Heredia, con 17.000 habitantes, contaba con 9 presbíteros y 5 iglesias; la Provincia de Alajuela, con 18.000 habitantes, tenía 11 presbíteros y 5 iglesias; y la Provincia de Guanacaste, con 9.000 habitantes, contaba con 5 iglesias y 2 oratorios; y la Comarca de Puntarenas, con 3.000 habitantes, tenía 1 iglesia, y, entre ambas, 6 presbíteros. Por tanto, el total aproximado de la población de Costa Rica para 1851 era de poco más de 100.000 habitantes, y se contaba con 63 presbíteros –sin contar los religiosos franciscanos de las doctrinas–, 43 iglesias, 2 ermitas y 5 oratorios, para todo el país.

La erección de la Diócesis no inicia la labor de evangelización de la Iglesia costarricense, pero sí viene a darle un fuerte impulso, comenzándose en 1852 con la presencia de su primer Obispo, al proceso de su organización y desarrollo propios, con la estructuración de la Curia diocesana, el archivo eclesiástico, el Cabildo catedralicio, la erección de Vicarías Foráneas y nuevas Parroquias, los asuntos financieros, el Concordato del Gobierno con la Santa Sede, la reconstrucción de la Catedral y de numerosos templos, la creación, construcción y consolidación del Seminario, la formación del clero, la catequesis para los fieles, la preocupación por los más pobres y por las misiones.

Tres Obispos, un Vicario capitular y un Administrador Apostólico, pastorearon la Diócesis de San José de Costa Rica entre 1851 y 1920. Los tres Obispos de San José, Mons. Anselmo Llorente y Lafuente (1851-1871), Mons. Bernardo Augusto Thiel Hoffman C.M. (1880-1901) y Mons. Juan Gaspar Stork Werth C.M. (1904-1920). El Vicario Capitular M.I. Pbro. Dr. Domingo Rivas Salvatierra (1871-1877) -por la extensión de la vacancia de la sede, por razones que no podemos desarrollar aquí, fue incluso delegado por la Santa Sede para administrar el sacramento de la Confirmación- y, en ese mismo contexto, el Administrador Apostólico, el italiano procedente de Brasil, Mons. Luis Bruschetti (1877-1880).

Ellos cinco pastorearon la Diócesis de San José, por lo que hay que subrayar y comprender que, así como lo fueron los Obispos de León de Nicaragua hasta 1850, ahora entre 1851 y 1920 fueron ellos quienes pastorearon la Iglesia costarricense en la Diócesis única que cobijó toda la geografía nacional.